2.4.3 Multiple sequence alignmentAl

2.4.3 Multiple sequence alignment

Alignment of multiple DNA or protein sequences plays an important role in computational molecular biology. It is well-known that this problem can be formalized as a shortest-path problem in an n-dimensional lattice, where n is the number of sequences to be aligned (Car- illo & Lipman, 1988; Yoshizumi, Miura, & Ishida, 2000). A* can outperform dynamic pro- gramming in solving this problem by using an admissible heuristic to limit the number of nodes in the lattice that need to be examined to find an optimal alignment (Ikeda & Imai,
1999). However, a challenging feature of this search problem is its large branching factor, which is equal to 2n − 1. When A* is applied to this problem, the large branching factor
means the Open list can be much larger than the Closed list, and the memory required to store the Open list becomes a bottleneck of the algorithm.

Kết quả (Việt) 2:

2.4.3 Nhiều liên kết chuỗi liên kết của nhiều DNA hay protein chuỗi đóng một cuộn quan trọng và sinh học phân tử máy tính. Nó được biết đến đó vấn đề này có thể được chính thức hóa như một vấn đề Shortest-path và một mạng n-chiều, đó n là số các chuỗi được Aligned (Car- illo & Lipman, 1988; Yoshizumi, Miura, & Ishida, 2000). A * có thể làm tốt hơn trình năng động gramming và giải quyết vấn đề này bằng cách sử dụng một heuristic, chấp nhận để hạn chế số lượng các nút và mạng tinh thể đó cần phải được xem xét để tìm một sự liên kết tối ưu (Ikeda & Imai, 1999). Tuy nhiên, một tính năng đầy thách thức của vấn đề tìm kiếm này là ITS yếu tố phân nhánh lớn, nào là bằng 2n - 1. Khi A * được áp dụng cho vấn đề này, các yếu tố phân nhánh lớn PHƯƠNG TIỆN Mở tấm có thể được večja nhiều so với danh sách đóng, và bộ nhớ cần thiết để lưu trữ các tạp chí mở trở thành một nút cổ chai của thuật toán.