Figure 2: Average performance of se

Figure 2: Average performance of search algorithms in aligning sets of 5 sequences from
Kobayashi and Imai (1998).



integer f -costs to allow more efficient integer-valued arithmetic.) To create an upper bound
for Enhanced A*, we ran Weighted A* with the same weight of 100

and used the cost of
the first solution found as the upper bound.
Figure 2 shows that Anytime WA* runs more than seven times faster and stores about the same number of nodes as PEA* with a cutoff of C = 0. When PEA* uses a cutoff of C = 50, it stores 44% more nodes than Anytime WA* and still runs 65% slower on average. Although Enhanced A* runs about as fast as Anytime WA*, it stores 36% more nodes. Anytime WA* stores fewer nodes because continuation of weighted search results in discovery of improved solutions that provide tighter upper bounds for pruning the Open list. In summary, Anytime WA* not only outperforms standard A* in solving this problem, it performs better than two state-of-the-art enhancements of A* that were specifically designed for this problem.
Figure 3 illustrates the behavior of Anytime WA* by showing how the upper and lower bounds gradually converge. Notice that Anytime WA* finds an optimal solution after only
10% of the total search time, and spends the remaining 90% of the time proving that the solution is optimal, at which point it converges. Compared to Partial Expansion A* and Enhanced A*, an important advantage of Anytime WA* is that it finds a suboptimal alignment quickly and then continues to improve the alignment with additional computation time. Thus, it offers a tradeoff between solution quality and computation time that can prove useful when finding an optimal alignment is infeasible.
The weight that we found worked well for this problem may seem surprisingly small, and one might suspect that a weight this small has little or no effect on the order in which nodes with different f -costs are expanded, and serves primarily as a tie-breaking rule for nodes with the same f -cost but different h-costs. Because our implementations of A* and Anytime WA* both break ties in favor of nodes with the least h-cost, however, the weight has no effect on tie breaking in our experiments.

Kết quả (Việt) 1:

Hình 2: Trung bình thực hiện các thuật toán tìm kiếm và việc xếp thẳng bộ 5 trình tự từKobayashi và Imai (1998).số nguyên f-chi phí cho phép số học có giá trị số nguyên hiệu quả hơn.) Để tạo ra một ràng buộc để nâng cao *, chúng tôi chạy A trọng với cùng một trọng lượng của 100 và sử dụng chi phí Các giải pháp đầu tiên tìm thấy là ràng buộc.Hình 2 cho thấy rằng bất cứ lúc nào WA * chạy nhiều hơn bảy lần nhanh hơn và mua sắm về số lượng các nút hạt đậu với một cắt C = 0. Khi hạt đậu * sử dụng một cutoff C = 50, nó mua sắm 44% thêm các nút hơn bất cứ lúc nào WA * và vẫn còn chạy 65% chậm hơn trung bình. Mặc dù Enhanced A chạy về như nhanh như bất cứ lúc nào, nó WA mua sắm 36% thêm nút. Bất cứ lúc nào một WA * mua sắm ít hơn nút vì tiếp tục của kết quả tìm kiếm trọng và khám phá của cải thiện giải pháp cung cấp chặt chẽ hơn trên giới hạn cho cắt tỉa bảng mở. Và nói tóm lại, bất cứ lúc nào WA * không chỉ nhanh hơn so với A tiêu chuẩn và giải quyết vấn đề này, nó thực hiện tốt hơn so với hai nhà nước-of-the-nghệ thuật cải tiến của mà đã được thiết kế đặc biệt cho vấn đề này.Hình 3 minh họa hành vi của bất cứ lúc nào WA * bằng cách hiển thị như thế nào các giới hạn trên và dưới dần dần hội tụ. Thông báo bất cứ lúc nào đó WA * tìm thấy một giải pháp tối ưu sau khi chỉ10% of the total search time, and spends the remaining 90% of the time proving that the solution is optimal, at which point it converges. Compared to Partial Expansion A* and Enhanced A*, an important advantage of Anytime WA* is that it finds a suboptimal alignment quickly and then continues to improve the alignment with additional computation time. Thus, it offers a tradeoff between solution quality and computation time that can prove useful when finding an optimal alignment is infeasible.The weight that we found worked well for this problem may seem surprisingly small, and one might suspect that a weight this small has little or no effect on the order in which nodes with different f -costs are expanded, and serves primarily as a tie-breaking rule for nodes with the same f -cost but different h-costs. Because our implementations of A* and Anytime WA* both break ties in favor of nodes with the least h-cost, however, the weight has no effect on tie breaking in our experiments.

Kết quả (Việt) 2:

Hình 2: hiệu suất trung bình của các thuật toán tìm kiếm và sắp xếp bộ 5 trình tự
từ. Kobayashi và Imai (1998). Integer f -costs nó có thể Cho phép hiệu quả số học số nguyên giá trị) Để tạo một ràng buộc trên cho Enhanced A *, chúng tôi chạy Weighted A * với cùng một khối lượng 100 và sử dụng chi phí của các giải pháp đầu tiên được tìm thấy như các ràng buộc trên. Hình 2 cho thấy Anytime WA * chạy hơn bảy lần nhanh hơn và các cửa hàng khoảng cùng một số các nút như PEA * với một cắt của C = 0. Khi PEA * sử dụng một cắt của C = 50, nó lưu trữ 44% các nút hơn ông Anytime WA * và vẫn chạy chậm hơn 65% trên trung bình. Mặc dù Enhanced A * chạy về nhanh như Anytime WA *, nó lưu trữ 36% có thể hạch. Bất cứ lúc nào WA * nút cửa hàng ít hơn Bởi vì sự tiếp nối của kết quả tìm kiếm gia quyền và phát hiện các giải pháp cải tiến Đó Cung cấp cận trên chặt chẽ hơn đối tỉa danh sách Open. Tóm lại, mọi lúc WA * không chỉ nhanh hơn so với tiêu chuẩn A *, và giải quyết vấn đề này, nó Thực hiện tốt hơn hai nhà nước-of-the-nghệ thuật cải tiến của A * Điều đó đã được thiết kế đặc biệt cho vấn đề này. Hình 3 minh họa những hành vi của Anytime WA * bằng cách hiển thị các giới hạn trên và dưới dần dần hội tụ. Chú ý Anytime Đó WA * Tìm một giải pháp tối ưu sau khi chỉ có 10% trong tổng số thời gian tìm kiếm, và dành sự còn lại 90% thời gian minh Đó là giải pháp tối ưu, tại điểm nào nó hội tụ. So với phần mở rộng và nâng cao A * A *, một lợi thế quan trọng của Anytime WA * Đó là nó Finds một sự liên kết tối ưu NHANH và sau đó tiếp tục để cải thiện sự liên kết với thêm thời gian tính toán. Thüsen, nó cung cấp một sự cân bằng Trong giữa chất lượng giải pháp và tính toán thời gian đó có thể chứng minh hữu ích khi tìm kiếm một sự liên kết tối ưu là không khả thi. Trọng lượng đó chúng tôi thấy làm việc tốt cho vấn đề này có thể có vẻ đáng ngạc nhiên nhỏ, và một Might nghi ngờ đó là một trọng lượng nhỏ này có chút hoặc không có hiệu lực về trình tự và nào các nút với nhau -costs f được mở rộng, và phục vụ chủ yếu như một quy luật tie-chia cho các nút với cùng f -cost nhưng khác nhau h-chi phí. Tuy nhiên, bởi vì hiện thực của chúng ta về A * và Anytime WA * Cả hai quan hệ break và ủng hộ của các nút với chi phí thấp nhất-h, trọng lượng không ảnh hưởng đến việc bẻ tie và thí nghiệm của chúng tôi.